Nouveau label, Flashback tour et Tour 66 

Le chanteur signe en décembre 2005 chez Warner. En 2006, la nouvelle tournée de l'artiste, « Flashback Tour », ambitionne de le voir chanter dans toutes les salles parisiennes qui ont jalonné sa carrière avec, en point d'orgue, le Palais des sports de Paris, où il ne s'est plus produit depuis vingt-quatre ans et qu'il investit du 2 juin au 4 juillet (Flashback tour : Palais des sports 2006).

durant l'été et jusqu'à la fin de l'année, il tourne dans plusieurs stades et festivals, alternant les représentations à Paris et en province. Il chante tour à tour à Bercy, au Zénith de Paris, à l'Olympia et à La Cigale, où il présente un récital différent, plus rock 'n' roll, alternant les reprises de standards américains. (La Cigale : 12-17 décembre 2006). Toujours en 2006, il enregistre un single avec clip en duo avec les rappeurs du Ministère Amer et Doc Gynéco, Le Temps Passe. Au terme de 111 représentations pour un total de plus d'un million de spectateurs, le « Flashback Tour » s'achève en mars 2007.

Le Cœur d'un homme, aux sonorités country blues, est dans les bacs en novembre.

Réalisé par Yvan Cassar, ce premier album studio produit par Warner s'écoule à 500 000 exemplaires. Invité au Journal de 20 heures de TF1 du 2 décembre, Johnny annonce que sa prochaine tournée, Tour 66, prévue en 2009, sera la dernière. Pour autant, il déclare ne pas vouloir renoncer à chanter, ni même à la scène, mais plus sur une longue période. Le chanteur confirme son intérêt toujours croissant pour les duos. En 2008, il participe aux albums Balmoral de Loquillo, Peace Maker de Doc Gynéco et Duos de Charles Aznavour. En octobre sort son 46^e album studio Ça ne finira jamais.

Le 7 mai 2009, il démarre le Tour 66 au Zénith de Saint-Étienne où, en guise de répétitions générales, il donne huit représentations.

Quelques jours plus tard, Johnny chante au Forest National de Bruxelles.

Accordant un entretien à un journal télévisé, il confirme qu'il s'agit de sa dernière longue tournée, évoque ses projets de cinéma, mais aussi un probable prochain spectacle dans deux ou trois ans.

Le même mois, le film Vengeance du réalisateur Johnnie To dans lequel Johnny tient le rôle principal, est présenté en compétition officielle au Festival de Cannes.

Johnny Hallyday se produit les 29, 30 et 31 mai au Stade de France.

Avec Ma gueule, il entame un récital de deux heures et demie, qui revisite cinq décennies de chansons. Ému et des sanglots dans la voix, l'artiste remercie le public pour sa fidélité, avant de conclure son tour de chant avec Et maintenant de Gilbert Bécaud. (Tour 66 : stade de France 2009) En juin et juillet, il se produit dans une douzaine de stades. Le 14 juillet, Johnny chante devant plusieurs centaines de milliers de personnes sur le Champ de Mars aux pieds de la tour Eiffel, lors d'un concert gratuit pour le public, conformément aux vœux du président de la République, Nicolas Sarkozy, qui chaque année, à partir de 2007, souhaite associer un grand concert populaire aux réjouissances de la fête nationale. La première partie du

Le 24 juillet, à la demande des assureurs de la tournée, il est hospitalisé pendant une dizaine de jours, pour une série d'examens. Début août, le magazine américain New York Post révèle qu'il a subi une opération du côlon. En septembre, dans un entretien au magazine Télé Star, Johnny confirme l'information, révélant qu'il a été opéré d'un cancer. En septembre, sur la scène de l'Olympia, où la chanteuse se produit, Johnny chante avec Sylvie Vartan(Sylvie live), avant de reprendre la route, avec le Tour 66, dont il achève le second acte, le 24 novembre à Orléans.

Le 26 novembre, Johnny Hallyday est opéré, à Paris, d'une hernie discale par le docteur Stéphane Delajoux. Le 1^er décembre, le chanteur se rend à Los Angeles. Le 7 décembre, il est hospitalisé d'urgence au Centre médical Cedars-Sinai, pour y être réopéré le 10. Johnny sort de l'hôpital le 23 décembre. Quelques jours plus tôt, son producteur, Jean-Claude Camus, a annoncé l'annulation de la troisième et dernière partie du Tour 66 (prévue à partir du 8 janvier à Amiens, la tournée devait s'achever vingt-deux représentations plus tard, par quatre concerts à Bercy, en février 2010). Ces événements marquent le début d'une chronique médiatico-judiciaire qui oppose les deux personnalités. Tour 66 est, avec plus d'un million de spectateurs, l'une des plus grandes tournées jamais réalisée en France